Az oxidáló fertőtlenítőszerek általában erős oxidálószerek. Elpusztítják a mikroorganizmusokat azáltal, hogy oxidálják a mikroorganizmusokon belüli anyagcseréhez szorosan kapcsolódó enzimeket, például hipoklórsavat és atomi oxigént, amelyeket termelnek.
A peroxidok és a klór{0}}alapú fertőtlenítőszerek gyakran használt oxidálószerek az élelmiszerek tárolásában. Mindkettő erős oxidáló képességgel rendelkezik, és hatékonyan elpusztítja a mikroorganizmusokat az élelmiszerekben. A peroxidok elsősorban a mikroorganizmusokat pusztítják el azáltal, hogy a bomlás során erős oxidáló hatású, születőben lévő oxigént szabadítanak fel, míg a klór-alapú fertőtlenítőszerek hatékony klórkomponenseik erős oxidáló hatása révén pusztítják el a mikroorganizmusokat. Miután a hatékony klór behatol a mikrobiális sejtekbe, elpusztítja az enzimfehérjék és nukleoproteinek szulfhidril-csoportjait, vagy gátolja az oxidációra érzékeny enzimeket, ami mikrobahalálhoz vezet.
